Pygmæ mus bliver kønsmodne, når de er 4-6 uger, men bør ikke i avl før de er 3-4 måneder. De er drægtige i 20-21 dage og kuldstørrelse er op til 8 unger (gennemsnitligt 3-4 unger). Ungerne er micro små som nyfødte, de fødes nøgne, blinde og døve, men er fuldt pelsede når de er omkring 14 dage. De fravænnes når de er 3-4 uger og bør her fjernes fra forældrene og samtidig kønssorteres. Pygmæ mus, er ikke så tolerante over for indavl, som visse andre gnaverarter, så dette bør undgås. Indavl siges at give pelsproblemer, tendens til skaldede pletter og udbredt aggressivitet.