Afrikanske pygmæ mus kan være svære at kønsbestemme, både fordi de er så små og svære at håndtere, men også fordi de først viser tydeligt køn, når de bliver helt kønsmodne, hanner har dog som de fleste andre smågnavere længere afstand mellem kønsdele og anus end hunner har og hunnerne har dievorter. Man kan evt. sætte musen i en gennemsigtig boks og kigge nedefra, det er noget nemmere end at skulle håndtere den.