Alle dyr kan jo blive syge, men pygmæmusen er ikke så udbredt som hobbydyr og vi har ikke kendskab til specifikke sygdomme hos denne art.
De er jo nogle små nogle og deraf også sarte over for træk, støv og dårligt indeklima i buret, så sørg for der er ventilation i buret, enten i form af netlåget på akvariet eller ventilationsriste i terrariet. Vær opmærksom på at der ikke dannes kondensvand indvendigt på glasset. Gør der det, er ventilationen ikke tilstrækkelig.
Kend den sunde mus på en glat pels, klare blanke øjne, god appetit og livlig i sin adfærd og husk at loven foreskriver, at man som dyre ejer har pligt til at beskytte sine dyr mod lidelse og smerte, så hvis en af dine mus bliver syge, har du pligt til enten at tage den til dyrlæge eller aflive den på en human måde.